皇室の戸籍のようなものです
皇統譜は、歴代天皇や皇族の身分を記載しており、皇室の戸籍のようなものです。「大統譜（だいとうふ）」と「皇族譜（こうぞくふ）」の２つに分かれており、天皇、皇后に関する事項は「大統譜」に、皇族に関しては「皇族譜」に記載されます。
何が書いてあるのか
天皇の記載事項は、名、父、母、誕生の年月日時刻・場所や、命名、践祚（天皇になること）の年月日、元号と改元の年月日、即位礼、大嘗祭、成年式、大婚（結婚）それぞれ年月日、皇后の名、崩御（死去）の年月日時刻・場所。追号と追号勅定の年月日、大喪儀（葬儀）の年月日、陵所（葬られた場所）と陵名などです。
どこにあるのか
宮内庁に正本が、法務省に副本があります。
『皇室事典』は皇統譜について、天皇、皇后、皇族の身分などを記載する「皇室の特別な戸籍」と位置付けている。その要点は①大統譜（天皇、皇后関係）と皇族譜（皇族関係）に分かれる、②正副２冊が作られ保管される、③天皇欄には、出生、命名、践祚、改元、即位礼、大嘗祭、崩御、追号など重要な経過が記載される。
皇室事典編集委員会（編著）『皇室事典 令和版』 2019年 KADOKAWA
皇室令第六號 皇統譜令 （抜粋）
第一章 總則
第一條 皇統譜ハ大統譜及皇族譜トス
第二章 大統譜
第十一條 大統譜ハ天皇ニ由リ門ヲ分チテ其ノ代數ヲ揭ケ各門ニ天皇ノ欄及皇后ノ欄ヲ設ク
第十二條 天皇ノ欄ニハ左ノ事項ヲ登錄スヘシ
一 御名 ／ 二 父 ／ 三 母 ／ 四 誕生ノ年月日時及場所 ／ 五 命名ノ年月日 ／ 六 踐祚ノ年月日 ／ 七 元號及改元ノ年月日 ／ 八 卽位禮ノ年月日 ／ 九 大嘗祭ノ年月日 ／ 十 成年式ノ年月日 ／ 十一 大婚ノ年月日及皇后ノ名 ／ 十二 崩御ノ年月日時及場所 ／ 十三 追號及追號勅定ノ年月日 ／ 十四 大喪儀ノ年月日陵所及陵名
第三章 皇族譜
第二十二條 皇族譜ハ所出天皇ニ由リ簿册ヲ區分シ各親王內親王王女王ニ付一欄ヲ設ケ妃ニ付テハ夫ノ所出天皇ニ屬スル簿册ニ各一欄ヲ設ク
第二十三條 親王親王妃內親王王王妃女王ノ欄ニハ左ノ事項ヲ登錄スヘシ
一 名 ／ 二 父 ／ 三 母 ／ 四 誕生ノ年月日時及場所 ／ 五 命名ノ年月日 ／ 六 成年式ノ年月日 ／ 七 婚嫁ノ年月日及配偶者ノ名 ／ 八 薨去ノ年月日時及場所 ／ 九 喪儀ノ年月日及墓所
第二十四條 立太子又ハ立太孫ノ禮ヲ行ヒタルトキハ其ノ年月日ヲ該親王ノ欄ニ登錄スヘシ
第二十五條 親王王大統ヲ承ケタルトキハ其ノ直系卑屬ノ欄ニ記載シタル事項ヲ其ノ所出天皇ニ屬スル簿册ニ移記スヘシ該直系卑屬ノ妃ノ欄ニ記載シタル事項亦同シ
第四章 補則
第三十九條 神代ノ大統ハ勅裁ヲ經テ大統譜ノ首部ニ登錄スヘシ
昭和二十二年政令第一号 皇統譜令
第一条 この政令に定めるものの外、皇統譜に関しては、当分の間、なお従前の例による。
第二条 皇統譜の副本は、法務省でこれを保管する。
第三条 左の各号に掲げる事項については、宮内庁長官が、法務大臣と協議して、これを行う。
一 公布又は公告がない事項の登録
二 皇統譜の登録又は附記に錯誤を発見した場合の訂正
（以下略）
従前の例によるので、旧皇統譜令によることになります。
皇統譜は、天皇及び皇族の身分に関する事項（出生、結婚等）を登録するものであり（皇室典範（昭和22年法律第３号）第26条）、いわゆる一般の戸籍に当たる。天皇・皇后・太皇太后・皇太后の身分に関する事項を登録する大統譜と、その他の皇族の身分に関する事項を登録する皇族譜がある。
天皇の代替わりがあったらどうするのか
代替わりがあったときは、新しい天皇を天皇として記載したものを作ります。
皇統譜令 （抜粋）
第十一條 大統譜ハ天皇ニ由リ門ヲ分チテ其ノ代數ヲ揭ケ各門ニ天皇ノ欄及皇后ノ欄ヲ設ク
第二十五條 親王王大統ヲ承ケタルトキハ其ノ直系卑屬ノ欄ニ記載シタル事項ヲ其ノ所出天皇ニ屬スル簿册ニ移記スヘシ該直系卑屬ノ妃ノ欄ニ記載シタル事項亦同シ
皇統譜には神代の系譜も書いてあるのか
古事記、日本書紀に出てくるイザナギ、イザナミ、アマテラスから…ニニギ…ウガヤフキアヘズ…という系譜は、大統譜の冒頭に書いてあるとされています（制度上は「神代ノ大統」を首部に登録するとされます）。ただし、どこまで遡るかなどの具体的記述は、サイト主は確認できていません。
井(ゐ)原(はら)頼(より)明(あき)著『増補皇室事典』（冨山房、昭和十七年）である。この中に、「神代の大統」といふものが勅裁を経て大統譜の首部に登録されてゐることが記述されてゐる。しかし、その具体的記述は見当らない。
大岡 弘 : 再考・「皇祖神の系譜」（上）｜月刊誌 国民同胞 第646号
井原頼明（著）『増補 皇室事典』 1942年 冨山房
