皇室制度の話によく出てくる言葉ですが…
「男系」とは父方をたどると天皇に行く系統のこと
皇位継承の話でいうときの「男系」とは、父（男親）をたどっていくと天皇に行きつく系統をいいます。
「女系」は、「母をたどる系統」を呼ぶ場合もありますが、皇位継承の話では「男系でない系統」が「女系」と呼ばれます。
つまり、親をたどって天皇に行き着く間に、一人でも女性（母）が入ると「男系」ではなく「女系」となります。
なので、男系と女系の違いは「父だけをたどって天皇に行き着くかどうか」という点です。
ここで、「男系」とは、父方のみをたどることによって天皇と血統がつながることとされています。一方、「女系」とは、「男系」以外の天皇との血のつながり、すなわち母方を通じてしか天皇とつながらない血のつながりを含んだ血統のつながりのことをいいます。今上陛下は第126代の天皇でいらっしゃいますが、これまで歴代の皇位は、例外なく男系で継承されてきました。
現行の皇室典範は、皇位継承資格を「皇統に属する男系の男子」と規定している。「皇統」とは、歴代の天皇からつながる血統のことである。「男系」とは、天皇と男性のみで血統がつながることをいい、「女系」とはそれ以外のつながりをさす。
▽笠原英彦（著）『皇室典範』 2025年、中公新書
現在の天皇は男系か
現在の天皇、徳仁天皇は男系です。お父さんが天皇（明仁天皇）ですから。歴代の天皇はみんな男系とされています。
愛子内親王は男系か
愛子内親王は男系です。お父さんが天皇（徳仁天皇）ですから、男系です。「男系／女系」は、「男性／女性」とは別の区別です。なので、「男系」の「女性」もいます。愛子内親王がまさに「男系の女性」です。
悠仁親王は男系か
悠仁親王は男系です。男系とは父 → 祖父 → 曾祖父…と父をさかのぼると天皇に到達する血統のことです。悠仁親王の父（秋篠宮）は天皇ではありませんが、祖父で天皇（明仁天皇）にたどり着くので、男系です。男系の男性、つまり「男系男子」です。皇位継承資格があります。
現在の皇族は全員が男系か
皇室の外から嫁いで来た人（美智子皇后（上皇后）、雅子皇后など）以外は、男性も女性も、全員が男系です。
明仁天皇（上皇）、徳仁天皇、文仁親王（秋篠宮）、正仁親王（常陸宮）は、いずれも父親が天皇です。愛子内親王は女性ですが、父親が天皇ですから男系です。
佳子内親王と悠仁親王は、父の秋篠宮の父、つまり祖父が明仁天皇です。父方をたどると天皇に行き着くので男系ですかあ、男系です。
三笠宮（みかさのみや）の彬子女王（あきこじょおう）と瑤子女王（ようこじょおう）は、父が寛仁親王（ともひとしんのう）、父の父が崇仁親王（たかひとしんのう、三笠宮）で、父の父の父が大正天皇なので、ひいおじいさん（曽祖父）で天皇に行き着きます。なので男系です。
高円宮の承子女王（つぐこじょおう）も同じ（高円宮（たかまどのみや）→三笠宮→大正天皇）で、ひいおじいさんが天皇なので男系です。
外から嫁いできた美智子皇后（上皇后）、雅子皇后、常陸宮の華子妃、三笠宮の寛仁親王の信子妃、高円宮の久子妃は、父（父方）が天皇につながらないので、男系の皇族ではありません。
女性天皇から先は女系になるのか
女性天皇が誕生したとして、その子孫が天皇になれば女系天皇になります。
親をたどって天皇に行き着く間に一人でも女性（母）が入ると「女系」です。女性天皇の子孫の天皇は、血統をさかのぼると、その女性天皇に行き着くので女系天皇です。
「女帝というものを認めましてもそこから続くのであればこれは女系になってしまうのですから、全く男系というものと外れてまいります」
第102回国会 参議院 予算委員会 1985/03/27 山本悟宮内庁次長
