短くいうと……
天皇が字を選んで与えることになっている。皇子（天皇の男の子）の場合は「○仁」と「仁」の字を用い、皇女（天皇の女の子）の場合は「○子」と「子」の字を用いるのが，平安時代頃から慣例になった。明治時代の「皇子女降誕諸式（おうしじょこうたんしょしき）」にはそのように書いてある。
皇室事典令和版
皇子皇女御降誕ノ節ノ諸式（皇子女降誕諸式）｜国立公文書館
少し長くいうと……
男の子については、文徳天皇が、皇子で後の清和天皇に「惟仁（これひと）」と命名して以降、漢字２文字中、下の文字に「仁」を用いる例が多くなり、女の子については嵯峨天皇が娘に「子」の文字を付けて以来、これが定例となった。
皇室事典令和版
